日伪时期的混乱
1935年内，校园东扩，总面积达四十一亩。新建了厨房、餐厅和两座宿舍楼、图书馆楼。建起了磨电机房，学校开始使用电灯。
日本帝国主义魔爪的延伸，给这所名重一时的学校带来了深重的灾难。1937年冬，海州即将沦陷，学校被迫停办。学校的图书、文书、教具、器材等在频繁的转运过程中流失殆尽。1938年春夏之间，学校屡遭日机轰炸，美丽的学校变成一片瓦砾。海州沦陷后，断垣残壁的砖石，也被敌人拆走。巍峨壮丽的学府变成了一片废墟，令人气愤不已。一批曾参加过共产党的同志和进步青年纷纷投入抗日运动，一批校友赴西安找党，参加抗日青训班学习。
1939年3月，海州伪政权成立，苏北行政专员公署成立了苏北第二师范学校筹委会，筹划开办学校。1940年9月，委任邵令魁出任苏北二师首任校长，对以前东海师范附小校址（海州东大街大仓巷），加以修葺，添置教具，招收师范一年级和初中一年级各一个班开学上课。自此至1945年，是东海师范的多事之秋，学校二易其名，顺次为苏淮特别区东海师范、淮海省立东海师范。在此期间，学校实行奴化教育，由日军武官任辅助官，他们常驻学校，主宰学校大权。学校中有一批日籍教师执教，实施法西斯式教育，经常打骂体罚学生。日语被列为主要课程，同时开设国文、教育学、数学、物理、化学、英语、历史、农业、体育、音乐等课程。在此期间，校长频繁更换，教学秩序混乱。1943年上学期，师二、初三两班学生罢考，均为学生恶作剧造成。
但与此同时，仍有部分学生胸怀报国无门之痛，与奴化教育抗争，抵制学习日语。还排演了《迷途的羔羊》、自编自演话剧《劫后》，在校内外公演，来表达内心的愤懑。也出现了一些学习成绩优秀的学生，如尹立乔、吴品三（徐淮连数学会考中获得第一名）等。教师王鸿、方硕、韦智等任劳任怨，学识渊博，受到学生尊敬。
抗战胜利后复校
1945年8月，日本帝国主义投降，全国人民欢庆胜利，伪东海师范悄然停办。12月，省府派牛云峰为校长，在原东海师范旧址上，因陋就简开学上课，校名定为“江苏省立东海师范”。招收师范和初中各两个班，并对原在校未毕业学生缩编班级，开班上课。
学校提出了明确的培养目标，即“严格训练青年身心，养成良好小学健全师资，训练地方自治干部，实施地方教育辅导。”所设课程除一般文化课，教育课，还开设实用技艺、农村经济与合作、教育地方建设等实用性较强的课程。但此时因社会不稳定，学生生活无保证，往往需以“流亡学生”的名义，向苏北救济总署领取救济。加上部分校职人员参与国民党、三青团、中统活动，排挤进步学生，学校处于混乱状态。1948年，国民党败局已定，11月6日，东海师范部分师生被骗随国民党军队沿陇海路西撤南下，后来流散到徐州、镇江等地。